SARS hastalığına neden olan Co-ronavirüs yılın virüsüydü. Birkaç yıl öncenin korkulu rüyası Ebola'ydı. AİDS etkeni HIV sürekli zihnimizde. Artık aramızda olmasa da, Çiçek virü­sü olası bir silah olarak bizleri tehdit ediyor. İnsanlık tarihi virüslerin ne­den olduğu binlerce kişinin ölümüne yol açan pek çok salgın hastalıkla do­lu. Peki nedir bu virüsler? İnsanlığın ve tüm diğer canlıları en büyük düş­manlarında biri olan bu canlıları ya­kından tanıyalım. Pardon, canlı mı dedim?
"Virüsler canlı mıdır?" Sorusunun bugün bile kesin ve açık bir yanıtı yok. Yanıt tümüyle "yaşamın" kendi­sinin nasıl tanımlandığına bağlı. Eğer klasik ve artık popülerliğini yitirmiş tanıma uyup, "Canlılar üreme, bes­lenme, solunum, irkilme, hareket, bü­yüme ve boşaltım özellikleriyle can­sızlardan ayrılır" dersek, virüsler ta­nımın açıkça cansızlar tarafında ka­lır. Ancak benzerlerini üretmek için gerekli genetik bilgiyi taşıma, bu bil­ginin kendileri tarafından olmasa bile ifadesiyle çoğalma ve evrimleşebilme-leriyle de canlı gibidirler. Öyle ya da böyle, virüslerin canlılar üzerindeki etkileri yabana atılamaz. Tüm canlı grupları virüslerin tehdidi altında, onlardan korunmak için yöntemler geliştirmiş ve onlarla birlikte evrimle-
şen virüslerle sürekli bir mücadele içinde.
Virüslerin kökenleri hakkında ye­terli bilgiye sahip değiliz. Bugüne ka­dar hiçbir virüse ait fosile rastlanma­dı. Oldukça küçük boyutları, fosilleş­me süreçlerine dayanamayacak kırıl­gan yapıları ve onların garip yaşam biçimleri düşünüldüğünde bu anlaşı­labilir bir durum. Yine de, virüslerin kökeni hakkında birden fazla tez var.
Virüsler asıllarından uzaklaşmış hüc­re içi parazitler olabilir. Parazitlerin bazı yeteneklerini zaman içinde kay­betmeleri doğal bir olgu; ancak, bu tez yine de virüslerin protein sentez unsurlarına sahip olmamalarını ve RNA virüslerinin varlığını açıklayamı­yor. Bu "gerileme tezinin" karşıtı "gelişme tezine" göreyse, virüsler hücresel DNA veya RNA'nın kendi kendini kopyalayabilme yeteneği ka-
BİLİM ve TEKNİK 56 Kasım 2003
zanması ve evrilmesiyle ortaya çıkmış olabilir. Birlikte evrim tezine göreyse virüsler "RNA dünyasından" bu yana yaşamın kendisiyle birlikte evrimleri­ni sürdürüyor. Virüsleri sınıflandırma çalışmaları virüslerin tek kökenli bir ortaya çıkışlarının da olmadığını gös­teriyor. Virüsler tek bir köke sahip bir "yaşam ağacına" değil de birden çok kökü olan bir yaşam çalılığına sa­hipler gibi görünüyor.
Yaşam ağacında aşağılara doğru inildikçe, yaşam biçimleri görece ba-sitleşirken canlı çeşitliliğinin de nite­liği değişir; görünüşteki çeşitlilikten, özdeki çeşitliliğe doğru bir değişim olur. Bir bitki ile bir böcek ne kadar farklı gözükseler de, genetik ve biyo­kimyasal mimarileri hemen hemen aynıdır. Fakat mikroskop altında aynı görünen iki bakteri, "küre" biçimin­de olmak dışında genetik ve biyokim­yasal olarak fazlaca benzerlik göster-meyebilir. Tek göz bir kulübe yapa­caksanız, çok farklı malzemelerden yararlanabilir, hemen eliniz altına ne varsa kullanabilirsiniz. Ancak, iş bir gökdelen inşa etmeye gelince, uyma­nız gereken mühendislik ve mimari yasaları sizi sınırlar. Bizim yaşam ağacımıza doğrudan dahil olmasalar da, basitliğe karşılık temeldeki çeşitli­lik, virüslerde doruğa ulaşır. Başka hiç bir grupta göremeyeceğimiz yaşa­ma ve çoğalma taktiklerini virüslerde görürüz.
HlV'in Yaşam Döngüsü
Virüslerin Yapısı
Virüsler, hücresel olmayan biyolo­jik varlıklar. Temelde, az sayıda gen taşıyan küçük bir genomdan ve bu ge­nomu koruyup konak hücreye girişini
sağlayan protein bir kılıftan ibaret olan virüsler, tüm diğer canlılardan farklı olarak aktif bir metabolizmaya sahip değiller. Kendi benzerlerini üretmek için, içine girdikleri hücrenin protein sentez ve enzim sistemlerinin kontrolünü ele geçirir, çok sayıda kopyalarını ürettikten sonra çoğun­lukla hücrenin ölümüne yol açarak hücreden dışarı çıkarlar.
Virüs genomunu hücre dışında taşı­yan onu olumsuz koşullardan koru­yan, konak hücreyi tanıyarak ona tu­tunan ve genomun konak hücre içine girmesini sağlayan protein kılıf, çok az sayıda protein türünün tekrarlı şe­kilde düzenlenip bir araya gelmesiyle oluşur. İlk kez James Watson ve Fran-cis Crick tarafından 1956 yılında te­orik olarak ortaya atılan bu durum, sonradan açık biçimde kanıtlandı. Çok küçük olan virüs parçacıkları içinde ancak sınırlı miktarda bulunan gene­tik malzemenin fazla sayıda protein şifreleyecek kapasitesi olamayacağın­dan, az sayıda proteinin uygun şekilde düzenlenmesiyle virüs parçacığını oluşturmak kullanılabilecek en ekono-
Kasım 2003 57 BİLİ M ve .TEKNİK
mik yol. Bu düzenlenişin kübik simet­rik olması gerektiği de Watson ve Crick tarafından önerildi. Sonradan birbiriyle akraba olmayan pek çok vi­rüs grubunun kübik simetrili ikoza-hedron yapısını protein kılıf olarak kullandığı gösterildi. Tütün mozaik vi­rüsü gibi daha basit yapılı virüsler, tek bir proteinin sürekli tekrarıyla oluştu­rulan sarmal simetrili protein kılıflara sahipler. Çiçek virüsü gibi daha büyük virüslerinse çok daha karmaşık yapılı protein kılıfları var. Bu karmaşık yapı­lı protein kılıfların doğası henüz tam olarak anlaşılabilmiş değil. Bazı virüs grupları konak hücreden tomurcukla­narak ayrılırken önceden kendi prote­inlerini de ekledikleri hücre zarından bir parçayı protein kılıfı üzerine ala­rak hücreden ayrılırlar. Protein kılıfın üzerindeki bu yapı "zarf" olarak isim­lendirilir. Zarflı virüsler çevresel ko­şullara karşı çok daha hassaslar. Lipit yapıdaki zarf sabun gibi temizleyiciler­le kolayca bozularak virüs etkisiz hale getirilebilir. Diğer yandan zarflı virüs­ler konak hücreden tomurcuklanarak birer birer çıktıkları için konağın ölü­müne yol açmaz ve çok daha uzun sü­reli ve dirençli hastalıklara neden olurlar.
Genetik bilgiyi taşıyan nükleik asi-tin yapısı da virüsler de oldukça fark­lılık ve çeşitlilik gösterir. Tüm diğer canlılardan farklı olarak virüsler tek tip nükleik asit; DNA ya da RNA taşır­lar. RNA'nın genetik bilgi taşıma amaçlı kullanımı yeryüzünde sadece virüslere hastır. RNA genoma sahip vi­rüsler, molekülün yapısından dolayı çok daha fazla mutasyona uğrar; dola­yısıyla çok daha hızlı değişirler. Bu durum, RNA virüsleriyle mücadelede büyük güçlüklere neden olur. Sürekli ve hızla değişen virüse karşı ilaç ve aşıların da durmadan yenilenmesi ge­rekir. Bazı RNA virüsleri, konak hüc­re içine girdikten sonra RNA'dan DNA sentezleyecek enzimlerle genomlarını DNA'ya çevirirler. Bazılarıysa genom­larını RNA biçimde kullanmayı yeğler­ler. RNA'da da bir tercih söz konusu­dur. Virüs RNA'sı anlamlı (artı kutup­lu) olabilir; yani doğrudan mesajcı RNA olarak görev yapabilecek durum­dayken, bazıları anlamsızdır. Anlamsız (eksi kutuplu) RNA'dan protein sente­zine katılacak mesajcı RNA'ya geçmek için, tamamlayıcı karşıt anlamlı zinci-
BILIMveTEKNİK 58 Kasım 2003
RNA virüsleri
Picornavirüsler
25-30 nm boyutlarında, tek iplikli artı kutuplu RNA, zarflı,
ikozahedral protein kılıf
rin sentezlenmesi gerekir. Genomik molekülün yapısal farklılıkları burada da bitmez. DNA'nın ikili sarmal ve RNA'nın tek sarmallı olması, virüsler için geçerli olmayan kurallardan biri. Bakteriler çoğunlukla tek parça, çem-bersel DNA'ya (bazen çok parçalı ola­bilir) ya da çizgisel çift iplikli DNA'ya (Streptomyces, Helicobacter) sahip­ken, tüm ökaryotlar (çekirdekli hücre­ye sahip canlılar) çok parçalı, çizgisel, çift zincirli DNA'ya sahiptir. Virüsler söz konusu olduğundaysa, tek zincirli DNA'dan, çift zincirli RNA'ya, tek ya da çok parçalı, çizgisel ya da halkasal genomlar karmaşık, bir çeşitlilikte bir kombinasyon oluştururlar. Nükleik asitin tipi ne olursa olsun, viral ge­nomlar her zaman çok küçüktür ve vi­rüsler az proteinle çok iş başarmak zorundalar. Virüsün konak hücre içe­risinde başarması gerekenler, geno­munu kopyalamak, virüsü oluşturmak için gerekli proteinleri sentezleyip bir araya getirmek ve konak hücrenin ya­pı ve işlevlerini kendi yararına değiş­tirmek. Bazı virüsler 10'dan daha az gen taşıdıkları halde tüm bu işleri na­sıl başarıyorlar? Virüsler yalnızca ko­nak hücrede bulamayacakları enzim ve proteinler için gerekli bilgileri taşır­lar. Protein sentez ve hücre metaboliz­masının kilit noktalarına müdahale ederek, sistemi kendilerine hizmet edecek yöne çevirirler. Küçük genom, olabildiğince verimli şekilde kullanılır: Virüs genomunu, sıkıştırılmış bir bilgi­sayar dosyasına benzetebiliriz. Aynı nükleik asit dizisinin farklı proteinlere dönüşecek şekilde kullanılması, virüs­lerde oldukça yaygın bir taktiktir.
Konak hücreyi enfekte edebilme yeteneğine sahip tam bir virüs parça­cığına virion denir. Virion, virüsün hücre dışı biçimi olarak düşünülebilir­ler. Hiçbir yaşamsal etkinliği olmayan virionun görevi, viral genomu bir hüc­reden diğerine taşımak. Virionun ko­nak hücrenin yüzeyiyle temasıyla virü­sün yaşam döngüsü başlar. Konak hücre içinse artık ölüm çok yakındır.
Murat Gülsaçan
Togavirüsler
60-70 nm boyutlarında, tek iplikli artı kutuplu RNA, zarflı,
ikozahedral protein kılıf, Örnek:Kızamıkçık virüsü
Flavivirüsler
45-55 nm boyutlarında, tek iplikli artı kutuplu RNA, zarflı, ikozahedral protein kılıf, sitoplazmada replike olur. Örnek: Sarı humma virüsü
Coronavirüsler
120 nm boyutlu, tek iplikli artı kutuplu RNA, zarflı, sarmal protein kılıf. Örnek: SARS virüsü, soğuk algınlıklarının %10-30'undan sorumlu.
Reovirüsler
75 nm boyutunda, 10,11,12 parçalı çift iplikli RNA, zarfsız,
ikozahedral protein kılıf çift tabakalı,
RNA bağımlı RNA polimeraz enzimi taşır.
Rhabdovirü'sler
180X75 nm mermi biçimli, tek iplikli eksi kutuplu RNA,
sarmal protein kılıf, zarflı. Örnek:Kuduz virüsü
Filovirü'sler
80 nm boyutunda filament biçimli, zarflı, sarmal protein kılıf.
Örnek:Ebola virüsü
Paramyxovirüsler
150 nm boyutunda, tek iplikli eksi kutuplu RNA
Örnek:Kızamık virüsü
Orthomyxovirüsler
80-120 nm boyutlarında, 8 parçalı tek iplikli eksi kutuplu RNA,
zarflı, sarmal protein kılıf. Örnek: Grip virüsü
Bunyavirü'sler
100 nm boyutunda, zarflı, sarmal protein kılıf.
Örnek: Tatarcık Ateşi virüsü
Arenavirüsler
110-130 nm boyutlarında
Zarflı, Sarmal protein kılıf
Viral zarf içinde hücresel ribozomlar bulunur
Retrovirüsler
(RNA tümör virüsleri), 100 nm boyutlarında
Artı kutuplu birbirinin aynı iki RNA, Zarftı, İkozahedral protein kılıf,
Virion içinde Reverse Transkriptaz enzimi taşırlar. Örnek:HIV
Kaynaklar
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTV/ http://www.med.sc.edu:85/book/virol-sta.htm http://www .virology. net/B ig_Vi rology/BVH ome Page. html Simmonds P., The Origin and evolution of hepatitis viruses in hu­mans, Journal of General Virology (2001) 82, 693-712 Zaitlin M., The Discovery of the Causal Agent of the Tobacco Mosa­ic Disase, Discoveries in Plant Biology 1998 pp.:105-110
Kasım 2003 59 BİLİM ve TEKNİK